Пробовал использовать команду «Ниже» и работал нормально
команда
awk '$2 != "NA" && $3 != "NA" {print $0}' filename
выход
TRINITY_DN6047_c0_g1_i1.p1 PF10585 GO:0008641
TRINITY_DN37780_c0_g1_i3.p2 PF00071 GO:0003924,GO:0005525
TRINITY_DN72702_c0_g1_i1.p1 PF00498 GO:0005515
TRINITY_DN24890_c0_g1_i7.p1 PF00854 GO:0016020,GO:0022857,GO:0055085
TRINITY_DN46477_c0_g1_i1.p1 PF00069 GO:0004672,GO:0005524,GO:0006468