Почему сплеша нет в списке параметров ядра, но он работает?

printfksh93 понимает ваш формат ввода, поэтому вы можете использовать:

end=$(printf '%(%s)T' "2019.09.02 06:43:34")
start=$(printf '%(%s)T' "2019.09.02 06:40:28")
printf '%d\n' "$((1567421014-1567420828))"

или в более общем виде:

seconds=$(printf '%(%s)T' "$date $time")

Преобразование разницы в секундах в чч :мм :сс:

printf '%d hours, %d minutes, and %d seconds\n' "$((diff / 3600))" "$(( (diff % 3600) / 60))"  "$((diff % 60))"