Не печатать пунктирные линии перед первой строкой, даже если число в первой строке не равно нулю:
$ cat tst.awk
BEGIN { FS="[<>]+" }
{
curr = $(NF-1)
if ( NR > 1 ) {
for (i=prev+1; i<curr; i++) {
print "-----"
}
}
print
prev = curr
}
$ awk -f tst.awk file
A<0>
A<1>
A_D2<2>
A_D2<3>
A<4>
-----
A_D2<6>
-----
-----
A<9>
A_D2<10>
-----
-----
A<13>