Используйте более эффективный кодировщик, чем обычный mpeg4, такой как h264 или даже h265. И желательно более свежий контейнер типа mp4. Вот пример использования h265:
Outfile=$(echo $file | sed "s/MP4/.mp4/g")
ffmpeg -i $file -c:v libx265 -crf 25 -c:a copy $Outfile
В этом примере поддерживается исходное разрешение видео (, в вашем примере разрешение было установлено явно ). Настройте параметр Constant Rate Factor по своему вкусу (меньшие значения для большего качества ). См. вики для получения дополнительных опций и примеров.