Вывод терминала выглядит странно

Вы можете использовать awkилиgrep(и не использовать цикл for):

grep -f species master_record

-fпозволяет передать файл со списком регулярных выражений

или

awk 'NR==FNR{a[$0];next}(($3 " " $4) in a)' file1 file2

Это почти такая же команда, как ваша, за исключением соответствующего элемента массива.