Как игнорировать метку времени файлов при выполнении операции сравнения

Поскольку вы хотите сравнить содержимое файлов в ваших архивах, а не метаданные в самих архивах, вам следует сравнить содержимое. Предполагая, что файлы хранятся в одном и том же порядке во всех архивах,

diff -u <(tar xOf me.txt.tar) <(tar xOf me2.txt.tar)

Для файлов JAR следует использоватьunzip:

diff -u <(unzip -c file1.jar) <(unzip -c file2.jar)