С sort
иuniq
sort file.txt | uniq -w 32 --all-repeated=separate
542ed609dfc4d0cae44c4b7be6d66382 mba.txt
542ed609dfc4d0cae44c4b7be6d66382 tyrion final.txt
5ee434a2ebcf4c3c98ee07e9c1efddc0 foo.txt
5ee434a2ebcf4c3c98ee07e9c1efddc0 imac.txt
-w 32
ограничивает uniq
сравнение с хешем MD5 (, поэтому считает равными строки с одинаковым MD5)--all-repeated=separate
показывает дубликаты, разделяя группы пустой строкой