просто используйте другое имя каталога в команде git clone, например.

git clone https://github.com/yyuu/pyenv.git ~/.pyenv2
git clone https://github.com/yyuu/pyenv-virtualenv.git ~/.pyenv2/plugins/pyenv-virtualenv

или загрузить пакеты вручную:

Перейдите кhttps://github.com/yyuu/pyenvи https://github.com/yyuu/pyenv-virtualenv, разверните зеленую кнопку Клонировать или загрузите справа и нажмите Загрузить ZIP .

Извлеките файлы вручную и скопируйте в .pyenv.

РЕДАКТИРОВАТЬ

Если вам нужно использовать клонирование git, вы можете сделать условие, чтобы делать клонирование только в том случае, если каталог не существует:

if [ ! -d "/full/path/to/.pyenv" ]
    git clone https://github.com/yyuu/pyenv.git /full/path/to/.pyenv
    git clone https://github.com/yyuu/pyenv-virtualenv.git /full/path/to/.pyenv/plugins/pyenv-virtualenv
else
    do something else
fi