Моя команда работала с небольшими изменениями, и я считаю, что она проще и менее многословна, чем цикл for
:
ls *.sam | cut -d "_" -f 1 | xargs -I {} bash -c " samtools view -Sb {}_aligned_minimap.sam > {}_aligned_minimap.bam"
Теперь это работает. (У меня могут быть разные масштабы на любом мониторе )и мне не нужно ничего делать. Я предполагаю, что это благодаря обновлению Gnome (Gnome 40 ).