Редактор dconf -показался мне несколько ненадежным, по крайней мере, после обновления до версии 19.04. gsettings выполняет работу из командной строки:
gsettings set org.gnome.nautilus.window-state initial-size '(X,Y)'
(Замените X и Y нужными значениями.)
Это изменение сохраняется после перезагрузки моей машины.