Как я могу проверить источник часов в моей системе?

Ваша оболочка расширяется ../temp/.hidden*в ../temp/.hiddenперед выполнением Zip; этот шаблон больше не соответствует ../temp/.hidden/exclude.txt. Вы должны цитировать шаблон, как рекомендовано на странице руководства Zip :

zip -r temp.zip../temp/ -x../temp/excludethisfile.txt '../temp/.hidden*'