Переадресация X11, как принудительно передать звук на хост?

Variant Effect Predictor от EnsEMBL по умолчанию читает из стандартного ввода(документацию здесь).

Это означает, что полное отключение опции -i(вместе с аргументом опции -)заставит его считывать ввод из канала.

Я не уверен, что вы пытаетесь сделать в своем пайплайне, но похоже, что вы пытаетесь заменить одни идентификаторы другими, считанными из отдельного файла. При этом вы используете программу awk, в которой есть бесполезная обратная косая черта. Команду awkможно записать как

awk 'BEGIN { FS=OFS="\t" } NR == FNR { key[$1]=$2; next} ($1 in key) { $1=key[$1] } 1' map -

Имя входного файла -заставляет awkсчитывать его со стандартного ввода, когда он достигает его (после обработки файла с именемmap).

awk— более мощный язык, чем то, что вы считаете его конвейером, и вы можете легко включить в него код cutи sed:

awk 'BEGIN { FS=OFS="\t" } NR == FNR { key[$1]=$2; next} ($1 in key) { $1=key[$1] } FNR > 6 { print $1, $2, $3, $4, $5, $6 }' map -

Ваш скрипт может выглядеть примерно так

#!/bin/sh

for file in./*.vcf.gz; do
    gzip -cd "$file" |
    awk 'BEGIN { FS=OFS="\t" } NR == FNR { key[$1]=$2; next} ($1 in key) { $1=key[$1] } FNR > 6 { print $1, $2, $3, $4, $5, $6 }' map - |
    vep -o "${file}_dnds" --compress_output gzip --dir_cache./ 
done

(обратите внимание также на правильное двойное -цитирование расширений переменных)

Если вы хотите удалить суффикс имени файла .vcf.gzиз имени выходного файла перед добавлением _dndsв его конец, используйте vep -o "${file%.vcf.gz}_dnds"....