Как проверить, как долго смонтированная файловая система простаивала?

Я не использую autofs, но в документе(https://www.kernel.org/doc/html/latest/filesystems/autofs.html)указано, что вы можете выполнить ioctlв корневом каталоге файловой системы autofs:

AUTOFS_IOC_SETTIMEOUT: This passes a pointer to an unsigned long. The value is used to set the timeout for expiry, and the current timeout value is stored back through the pointer.

Получается, что не столько systemd считывает время -, сколько особенность autofs.

Для обычных файловых систем такой возможности нет. Вы можете использовать счетчики чтения в /proc/diskstatsна регулярной основе и если они какое-то время не менялись.