Что более эффективно или рекомендуется для чтения вывода команды в переменные в Bash?

Как говорит @RoVo, будьте осторожны со своей логикой. Вы, наверное, хотите

if [[ ! ("$STATE" = "active" && "SUBSTATE" = "running") ]]

обратите внимание на использование bash[[... ]]

или более переносимый

case "$STATE,$SUBSTATE" in
    "active,running") echo ok ;;
                   *) echo not ok ;;
esac