Предположим, что входной файл выглядит так
http://url.to.import
file.to.save.as
для однократной обработки входного файла:
{ IFS= read -r url; IFS= read -r filename; } < input.file
wget -i "$url" -O "$filename"
Я использую фигурные скобки, поэтому команды чтения выполняются в текущей оболочке, и поэтому переменные существуют в текущей оболочке.
Если вам срочно нужен один -вкладыш
wget -i "$(sed -n 1p input.file)" -O "$(sed -n 2p input.file)"