Получать запрос на подтверждение каждый раз, когда файл открывается любым приложением

В качестве одного -вкладыша для демонстрации концепции:

echo -e 'a\nb\nc\nPATTERN\nd\ne\nf' | sed '0,/PATTERN/ s/^/#/'

Вам просто нужно адаптироваться к контексту:

• как для 'ШАБЛОНА'
• Я принял ' #' в качестве символа комментария
• и о том, как вы можете применить это ко всем своим файлам. Если все они 'fileXXX.txt', вы можете запустить:sed -i '0,/PATTERN/ s/^/#/' file*txt