pip
доступен в виде пакета для NixOS. Например, для интерпретатора Python по умолчанию используется атрибут python.pkgs.pip
.
просто удалите путь
rm /home/rovanion/source/python/a-project/.direnv/.guix-profile
после этого,guix gc --list-roots
больше не показывать
и следующий запуск сборки мусора удалит файлы