Чтобы ограничить поле сортировки вторым столбцом (, а не вторым столбцом до конца строки ), необходимо указать конечную позицию:
$ sort -uk2,2 file
WP_012456834.1 NO_GROUP bsui|NP_700181 8 -53 48.18 62
WP_021815427.1 OG5_128110 rbal|NP_868155 1 -55 50.72 53.2
WP_021815421.1 OG5_132922 deth|YP_182312 3 -07 42.35 81.7
WP_084606284.1 OG5_153487 bpse|YP_331974.1 6 -78 48.87 91.4