Заголовки вашего ядра для ядра 3.10.0 -1062.el7.x86 _64 не найдены

Как написано на банке. Вы создаете имя команды egrep '2019-05-11|Total', а затем пытаетесь ее вызвать. Это не egrep, за которым следует параметр, а полное имя команды. То, что вы хотите, более вероятно:

totalSize=$(echo $s3ls| egrep "$currentDate|Total" | awk -F 'Total Size:' '{print $2}'|sed '/^$/d')

При необходимости вы можете использовать переменную для хранения параметра:

egrepParm="$currentDate|Total" 
totalSize=$(echo $s3ls| egrep "$egrepParm" | awk -F 'Total Size:' '{print $2}'|sed '/^$/d')

Некоторые скажут, что в скрипте лучше использовать grep -Eвместоegrep

PS :Команда с псевдонимом будет работать в командной строке/терминале, но не в сценарии, поэтому попытка выполнить команду в терминале не является доказательством того, что она будет работать в сценарии. В bash используйте type {commandname}, чтобы проверить, является ли имя реальной командой или псевдонимом. egrepможет быть реализован как псевдоним в некоторых версиях Unix, в моей Ubuntu это обычная команда.