Некоторые параметры в ключевых файлах dconf не учитываются/не используются

Предысторию процесса можно прочитать в https://rsync.samba.org/how-rsync-works.html(, особенно в разделе «Приемник» ).

what exactly are these two files on target side?

Первый файл уже был там до того, как вы начали (самую последнюю )синхронизацию. Возможно, вы уже синхронизировались ранее? Предполагая параметры по умолчанию, он останется там, пока rsyncне посчитает, что синхронизация завершена.

Второй файл — это временный файл, который использовался во время последней синхронизации. С параметрами по умолчанию он включится в этот момент при следующем запуске.

So when the rsync will finish, it will append the ".file.txt.yISk8R" to the "file.txt"?

Нет. Он удалит существующий «file.txt», а затем переименует временный файл в новый «file.txt».

I can see that the ".file.txt.yISk8R" is growing during the still ongoing transfer.

Да. Передача файлов не является атомарной. Вот почему используется скрытое имя файла. В обычных обстоятельствах вы не хотели бы получать доступ к этому файлу, поскольку он может быть изменен или неполным.

Если вы продолжаете справляться, вам следует игнорировать временный файл. Просто скопируйте "file.txt". Этот файл всегда должен быть непротиворечивым и полным (, если не всегда самым последним -по -датой ).