yum autoremove
удалит все ненужные зависимости из вашей системы. Вам нужно добавить clean_requirements_on_remove=1
в yum.conf
Похоже, решение было простым и глупым.
Вместо «Использовать локальную загрузку» (считается нормальным режимом, как это было и работало, пока не возникла эта проблема ), я выбрал «Использовать загрузочный скрипт» и выбрал «x86 _64 mainline last».