Команда
ssh-copy-id root@hostname.com
работает, подключаясь к серверу по SSH и копируя открытый ключ SSH (с )в ~/.ssh/authorized_keys
. Если у вас еще нет аутентификации с открытым ключом -, вам будет предложено ввести пароль при SSH-подключении к серверу во время этого.