Grub2 игнорирует мой grub.cfg

На вашем месте я бы сначала "исправил" оригинал, а потом просто удалил столбец. Однако вы можете сделать и то, и другое за один проход :

awk '{sub(/[0-9]+/," &",$2); $0=$0; $3=""; print}' input_file

18DMA H  0.886 5.687 5.320
18DMA H  1.019 5.764 5.247
18DMA Np  0.947 5.584 5.151
18DMA H  1.033 5.541 5.113
18DMA Cn  0.880 5.674 5.050
18DMA H  0.831 5.616 4.971
18DMA H  0.814 5.751 5.091
18DMA H  0.957 5.735 5.003
18DMA Cn  0.837 5.486 5.185

Присвоение $0=$0вызовет awkповторное вычисление (и повторное -разделение )текущей строки. В отличие от всех других ответов, это только предположения о возможном формате второго поля, а не о длине или количестве полей.

Версия, которая будет использовать Tab в качестве разделителя выходных полей:

awk -vOFS='\t' '{sub(/[0-9]+/," &",$2); $0=$0; $3=""; sub(OFS OFS,OFS); print}' input_file

18DMA   H       0.886   5.687   5.320
18DMA   H       1.019   5.764   5.247
18DMA   Np      0.947   5.584   5.151
18DMA   H       1.033   5.541   5.113
18DMA   Cn      0.880   5.674   5.050
18DMA   H       0.831   5.616   4.971
18DMA   H       0.814   5.751   5.091
18DMA   H       0.957   5.735   5.003
18DMA   Cn      0.837   5.486   5.185

Дополнительный sub(OFS OFS, OFS)свернет пустое поле, созданное $3="". Это необходимо только в том случае, если файл должен обрабатываться инструментом, который специально ожидает поля с разделителями табуляцией -или по эстетическим соображениям.