Как составить список всех файлов, принадлежащих данному пользователю, для проверки квоты?

Если вы можете гомогенизировать первое поле в каждом файле (, например, добавив начальный «0» ), вы можете использовать объединение (1):

f1:

01
03
08

f2:

01 96 283 4
02 87 918 6
02 49 208 5
03 57 294 0
03 24 284 0
04 28 345 290
05 23 234 209
06 98 245 02
07 18 329 89
08 19 239 78
08 18 289 90
09 28 390 09
09 19 238 09
10 23 899 7

Тогда:

$ join f f2
01 96 283 4
03 57 294 0
03 24 284 0
08 19 239 78
08 18 289 90