LightDM :как различать пользователей с одинаковым именем?

На самом деле, Debian устанавливает большую часть PMA в /usr/share/phpmyadmin, что является правильным местом для него по стандарту LSB. Но это деталь, которая не имеет никакого отношения к предпосылке вашего вопроса.

Пакет Debian PMA также добавляет файл конфигурации в /etc/apache2/conf-available/phpmyadmin.conf, который устанавливает особенности, необходимые для правильной работы PMA. Вы можете изучить его в свое время, если вам нужны подробности, но все сводится к тому, что с этого момента PMA может и будет работать с каждым сайтом, который вы настраиваете, на котором доступен работающий PHP, просто добавив следующую строку в директиву <VirtualHost>:

Alias /phpmyadmin /usr/share/phpmyadmin

После этого PMA должен работать для этого сайта без каких-либо дополнительных действий.

(Кроме того, драт. Ниндзя.)