Переименуйте файлы в любой глубокой подпапке, например в родительской папке, и переместите их в центральную папку

#! /bin/bash

shopt -s globstar  #enabled for '**' to match all files &directories recursively
#shopt -s dotglob  #uncomment to enable to match on hidden files/directories too

cd /path/to/directory/Root
for pathname in **/*; do
    [[ -f "$pathname" ]] && echo mv -v -- "$pathname" "${pathname%%/*}/${pathname%%/*}.${pathname##*.}";
done

##then remove remained empty directories
for pathname in **/*; do
    [[ -d "$pathname" && -z "$(ls -A -- "$pathname")" ]] && rm -r -- "$pathname";
done

• [[ -f "$pathname" ]]проверяет, является ли $pathnameфайлом f
• ${pathname%%/*}:С помощью оболочки -параметра -расширения вырежьте самый длинный суффикс из параметра pathname. сокращает все до -до первой косой черты /.
• ${pathname##*.}":то же самое, но вырезает самый длинный префикс из параметра pathname; сокращает все до -до последней точки ..
• [[ -d "$pathname" ]]проверяет, является ли $pathnameкаталогом d
Затем
• ... && -z "$(ls -A -- "$pathname")"проверяет, является ли базовое имя каталогаpathnameпустым или нет .

удалите echo, когда результат вас удовлетворит.