Как запустить AppImage из командной строки

Вы вызываете программу $fileс аргументами !=иMD5_${EXT}.txt]

Таким образом, наиболее вероятная причина заключается в том, что $fileне является исполняемым (бит x не был установлен ).

Если вы хотите протестировать что-то, вы должны добавить $fileк testи удалить это, вероятно, беспорядочное ]перед точкой с запятой.