ls |head (смещение?)

Запрос Apache к php -fpm будет прерван по истечении времени ожидания . Таким образом, и для пользователя. Если вы хотите, чтобы конечный клиент получил ответ, на ум приходят три возможности:

1. увеличьте значение тайм-аута (, так как ваше PHP-приложение работает медленнее)
2. попробуйте ускорить ваше PHP-приложение для этого запроса
3. ваше PHP-приложение рассчитывает время, которое оно занимает, и отвечает сообщением об ошибке, если оно занимает больше времени, чем ваше значение тайм-аута

Решение #2 было бы обычным выбором разработчика ИМХО.