Можно ли выполнить rsync файл образа работающей виртуальной машины?

В вашем случае это в основном безвредно, но вы можете ожидать ошибки файловой системы, когда попытаетесь использовать их позже, поэтому просто запустите для них fsck. хранилище journald может быть повреждено, поэтому ваш системный журнал может исчезнуть.

Если вы сможете перемонтировать гостевые разделы roи запустить syncперед rsync, это сделает процесс бесшовным и без ошибок -, но я сомневаюсь, что это возможно.

Вы также можете попробовать отправить -SIGSTOPвсем процессам записи перед rsyncing, а затем выполнить syncв гостевой системе, rsync и отправить -SIGCONT-, что приведет к еще меньшему количеству повреждений.