Вы можете использовать исходную команду и удалить некоторые результаты с помощью дополнительной команды:
cat LOG.txt | while read FILE; do
if ! grep -q "*.appstring" "$FILE"; then
echo $FILE >> LOG-filtered.txt
fi
done
Если вы действительно хотите, чтобы что-то между конечной точкой VPN и дальним концом не перехватывало ваш rsync
, тогда да, вам нужно обернуть его в другой уровень, заканчивающийся только на дальнем конце. SSH — один из вариантов для этого; stunnel может быть другим, если у вас есть достаточный контроль над процессом.