Как обойти ошибку проверки транзакции в RPM, которая требует перезаписи файла конфигурации?

Ответ заключается в том, чтобы не упаковывать тот же путь, что и в базовых репозиториях, если только вы не планируете заменить весь пакет и предоставить все его зависимости.

Вы должны упаковать альтернативные файлы, которые можно включить или использовать для замены файлов в базовой ОС. В противном случае вы получите ошибку выше.