Как создать новый файл на основе результатов из нескольких файлов и сохранить имена файлов в качестве первого столбца?

Если вы используете bash, вы можете перебрать все файлы с соответствующим расширением и обработать их следующим образом:

for file in *.sorted.bam
do
    key="${file%.sorted.bam}"
    value="$(samtools view -c "$file" "5:13744354-13744380")"
    echo "$key $value"
done > output.txt

В петле мы

• сгенерировать ключ файла, удалив .sorted.bamиз конца имени файла (и сохранив его в переменной оболочкиkey)
• выполните обработку, как показано в примере с одним файлом -, и сохраните вывод в переменной оболочкиvalue
• распечатать ключ и значение

и перенаправить общий вывод цикла в файл output.txt.