Может ли файл исчезнуть из раздела ext4, если его использовало приложение?

Вероятно, вы ищетеcomm:

$ comm <(sort file1.csv) <(sort file2.csv)
        1,2,3,4
        5,6,7,8
9,10,11,12
    9,9,11,12
    9,9,9,9

По умолчанию он печатает строки, присутствующие только в первом файле, в качестве первого столбца, присутствующие в обоих файлах — во втором столбце и только во втором файле — в третьем столбце. Вы можете использовать -1, -2или -3, чтобы скрыть любой из этих столбцов. Например:

• Показать только те, которые есть в обоих файлах:

  $ comm -12 <(sort file1.csv) <(sort file2.csv) 
  1,2,3,4
  5,6,7,8
  

• Показать только те строки, которые есть в первом файле, но не во втором:

  $ comm -32 <(sort file1.csv) <(sort file2.csv) 
  9,10,11,12
  

• Показать только те строки, которые есть во втором файле, но не в первом:

  $ comm -31 <(sort file1.csv) <(sort file2.csv) 
  9,9,11,12
  9,9,9,9