Я бы использовал зеркало rsync. rsync
извлечет только те файлы, которых у вас нет.
rsync -avz --exclude='repo*' rsync://mirror.cisp.com/CentOS/7/updates/x86_64/ /var/www/html/repos/centos/7/updates/x86_64/
createrepo --update /var/www/html/repos/centos/7/updates/x86_64/
Вот действительно хорошая статья о создании rsync-зеркала репозитория CentOS с подробными инструкциями.