find top-folder -type f -name '.DS_Store' -exec rm -f {} +
или, проще говоря,
find top-folder -type f -name '.DS_Store' -delete
где top-folder
— это путь к верхней папке, которую вы хотите просмотреть.
Чтобы распечатать пути к найденным файлам перед их удалением:
find top-folder -type f -name '.DS_Store' -print -exec rm -f {} +