добавлять символы в конце каждой записи в файле csv, который содержит возвращаемые символы в полях

Более простым решением было бы проинформировать пользователя о необходимости нажать Ctrl-Cдля выхода из цикла, что выдаст сигнал SIGINTи завершит сценарий.

Если вы хотите сделать что-то еще перед завершением скрипта, вы можете перехватить сигнал:

cleanup() {
  #...
  exit 0
}
trap 'cleanup' INT

Кроме того, вы можете запустить одну из них в подоболочке, убедившись, что при выходе из одной из оболочек другая также уничтожается. Таким образом, вы можете заблокировать один из них для ввода, в то время как другой выполняет другие проверки.

#!/bin/bash

i=1
sp="/-\|"
no_config=true
echo "type \"continue\" to exit this while loop if you feel the conditions for continuing sucessfully have been met... "
(
while $no_config
do 
  printf "\b${sp:i++%${#sp}:1}"
  [[ ! $(pidof SupremeCommande) && -f ~/My\ Documents/newfile ]] && no_config=false
  sleep 1
done
kill $$
) &
child_pid=$!

while $no_config
do
  read -r typed_continue
  [[ "$typed_continue" = "continue" ]] && no_config=false
  sleep 1
done
kill $child_pid