Как я могу использовать второе веб-приложение nginx (swizzin )вместе с сайтом virtualmin nginx?

Да, да, да. После нескольких дней борьбы у меня заработали Virtualmin и swizzin на одном VPS. Во-первых, вам нужно установить Virtualmin с поддержкой nginx

https://www.virtualmin.com/documentation/web/nginx

Затем установите swizzin

bash <(curl -sL git.io/swizzin) &&. ~/.bashrc

Установите панель swizzin из графического интерфейса или терминала

box install panel

И установите letsencrypt для своего домена

box install letsencrypt

И укажите свой домен например my.domain.com

Измените настройки nginx по умолчанию

nano /etc/nginx/sites-enabled

А поставить туда

server {
server_name my.domain.com;
listen x.x.x.x;

client_max_body_size 40M;
server_tokens off;
root /srv/;

include /etc/nginx/apps/*;

location ~ /\.ht {
deny all;
}

location /.well-known {
alias /srv/.well-known;
allow all;
default_type "text/plain";
autoindex    on;
}

# SSL configuration
server {
server_name my.domain.com;
listen x.x.x.x:xssl;

ssl_certificate /etc/nginx/ssl/my.domain.com/fullchain.pem;
ssl_certificate_key /etc/nginx/ssl/my.domain.com/key.pem;
include snippets/ssl-params.conf;
client_max_body_size 40M;
server_tokens off;
root /srv/;

include /etc/nginx/apps/*;

location ~ /\.ht {
    deny all;
  }
}

У вас должен быть работающий swizzin вместе с Virtualmin.