Какие подсистемы существуют в Linux для хранения конфигураций общего назначения?

Предполагая, что нет необходимости сохранять концы строк как есть, и их можно преобразовать в стиль unix, сделайте это в качестве первого шага:

dos2unix file

Для второго шага используйтеawk:

awk '{for(i=1;i<=3;i++){if(i>1)printf ",";printf $0};printf "\n"}'

awk в цикле создаст строку, помещая в нее столько повторений, сколько вы укажете в части i<=3.

ifтребуется для того, чтобы у вас было ,только между повторениями.

конечным результатом будет вывод в стиле unix -. вы можете преобразовать его обратно в dos, если вам нужно unix2dos.