Сканер обнаружен только один раз

Я бы использовалperl:

perl -pi -e 's/^Subject: \K/sprintf("%05d ", ++$n)/e' File*

Добавит увеличивающееся число (0, дополненное до ширины 5 )после каждого вхождения Subject:в начале строки.

Только для первого случая:

perl -pi -e '
  unless ($found_already) {
    $found_already = 1 if s/^Subject: \K/sprintf("%05d ", ++$n)/e
  }
  $found_already = 0 if eof' File*

Для добавления Subject: <increasing-number>к строке 5 каждого файла:

perl -pi -e '$_ = sprintf("Subject: %05d %s", ++$n, $_) if $. == 5; 
             close ARGV if eof' File*

Обратите внимание, что файлы передаются perl в порядке, определяемом расширением glob оболочки. В большинстве оболочек это лексический порядок. Если имена файлов пронумерованы без заполнения, это означает, что File10будет стоять перед File2. В оболочке zshвы можете заменить File*на File*(n)для численной сортировки списка или File*(Om)для сортировки по возрасту файла (от самого старого к самому младшему ).