Как собрать только одну программу в binutils

Похоже, в данном случае вам вообще не нужно возиться с find.

for dirpath in Parent_directory/*/; do
    ( cd "$dirpath" && perl perlscript.pl *.fasta )
done

Это предполагает, что сценарий Perl всегда называется perlscript.pl(, как в вашем примере макета каталога ), и что правильный способ запуска вашего сценария Perl внутри каждого каталога

perl perlscript.pl *.fasta

В приведенном выше цикле скобки создают подоболочку. Это предотвращает влияние cdна остальную часть сценария, и нам не нужно cdвозвращаться из каталога после запуска сценария Perl.

Цикл будет проходить по всем подкаталогам Parent_directoryи выполнять заданные команды в каждом.