Пробовали ли вы удалить -march=pentiumpro -mcpu=pentiumpro из Makefile
Он скомпилировал его и запустил здесь, используя файл отсюда, внеся это изменение.
https://molb7621.github.io/workshop/Miscellaneous/data.html
./pals -self sample.fa и получил
0 secs 1 Mb ( 0%) Reading sequence
0 secs 12 Mb ( 1%) Reading sequence done (0s).
Длина последовательности 3092 основания (0 Мб ), 4 контига
....целая куча строк.....
0 попаданий DP, общая длина 0 Прошедшее время 0 секунд, пиковое использование памяти 280 M