awk — хороший инструмент для этого. Существует отличный учебник поawk:Awk -A Tutorial and Introduction -Брюса Барнетта -Grymoire

Попробуйте это:

awk '
{
  columns[$3]=1 ; ids[$2]=1 ; col1[$2 ":::" $3]=$1
  if (maxcollen< length($1)) maxcollen=length($1)
  if (maxcollen< length($2)) maxcollen=length($2) 
  if (maxcollen< length($3)) maxcollen=length($3) 
}
END {
  printf("%-" maxcollen "s ", "")
  for (key in columns) {
    printf("%-" maxcollen "s ",key)
  }
  for (id in ids) {
    printf("\n%-" maxcollen "s ", id)
    for (key in columns) {
      printf("%-" maxcollen "s ", col1[id ":::" key])
    }
  }
  printf("\n")      
}' myfile.csv

Выход:

              glkgb  tzfl   mv     abcdef xyz    
id3                                2      5      
id100         4      1      2      1      8      
id1                  1      2      1      8      
id2                         1      1      6

==

Другая версия для отображения столбцов и идентификаторов в порядке появления:

awk '
{
  if (colname[$3]!=1) {colname[$3]=1 ; cols[++coln]=$3 }
  if (idval[$2]!=1) {idval[$2]=1 ; ids[++idn]=$2 }
  col1[$2 ":::" $3]=$1
  if (maxcollen< length($1)) maxcollen=length($1)
  if (maxcollen< length($2)) maxcollen=length($2) 
  if (maxcollen< length($3)) maxcollen=length($3) 
}
END {
  printf("%-" maxcollen "s ", "")
  for (i=1; i<=coln ; i++ ) {
    printf("%-" maxcollen "s ",cols[i])
  }
  for (j=1; j<=idn ; j++) {
    printf("\n%-" maxcollen "s ", ids[j])
    for (i=1; i<=coln ; i++) {
      printf("%-" maxcollen "s ", col1[ids[j] ":::" cols[i]])
    }
  }
  printf("\n")      
}' myfile.csv

Выход:

       xyz    abcdef mv     tzfl   glkgb  
id1    8      1      2      1             
id2    6      1      1                    
id3    5      2                           
id100  8      1      2      1      4