Как восстановить несоответствие файловой системы и физического размера

(Отвечая на мой собственный вопрос, чтобы задокументировать мои выводы ).

В меню «Настройки» > «Конфигурация графического интерфейса» > «Пользовательский интерфейс» > «Выбрать приложения-редакторы» измените команду «inode/directory|parentopen» на «thunar %f».