IMAP — это протокол связи, а не сервер! Теоретически сервер может хранить файлы как угодно, но вы не указали, какой сервер вы будете использовать. Если вы используете Dovecot, вы можете придерживаться формата maildir:
https://wiki.dovecot.org/MailLocation/Maildir
Dovecot будет использовать почтовый каталог пользователя в качестве почтового ящика. Dovecot будет хранить другие пользовательские каталоги IMAP как скрытые каталоги в формате maildir, как внутри папки «Входящие».
Например:
user/cur
user/new
user/tmp
user/.Sent
user/.Sent/cur
user/.Sent/new
user/.Sent/tmp
user/.Drafts
user/.Drafts/cur
user/.Drafts/new
user/.Drafts/tmp
Насколько мне известно, Dovecot не требует вторичного индекса, так что вы сможете передать ему существующий почтовый каталог пользователя, и он будет работать.