NFS не хранит хвосты файлов, когда программа отказывает
man zip
Из страницы справочника:
-e --encrypt Encrypt the contents of the zip archive using a password which is entered on the terminal in response to a prompt (this will not be echoed; if standard error is not a tty, zip will exit with an error). The password prompt is repeated to save the user from typing errors.
Другая опция является шифрованием SSL, примером:
openssl des3 -salt -pass pass:password -in file.txt -out encfile.txt
Возможно, можно СМОЛИТЬ папку перед использованием openssl для шифрования его.
man openssl
После того как вывод входит в фактический буфер клиента NFS, он должен добраться до сервера - я боюсь, что Вы теряете данные в обычных потоковых буферах. Попытайтесь изменить свойства буферизации с setvbuf().
Вы, вероятно, также хотите включить coredumps для отказывающего приложения так, чтобы у Вас было что-то для отладки - см. https://stackoverflow.com/questions/2919378/how-to-enable-core-dump-in-my-linux-c-program и prctl(PR_SET_DUMPABLE, ...)