Альтернатива:
sed '0,/^ $/d' файл
И как полужирное предположение, можно хотеть удалить все пустые строки перед первой строкой (содержащий любые символы), если она имеет место, мы можем попробовать ниже:
sed '1,/^ $/d' файл
Удостоверьтесь, что у Вас есть ОБРЕЗКА, включенная для Вашего SSD в OS X. Я использую http://www.groths.org/trim-enabler/, и я заметил значительное увеличение скорости после установки его и перезагружающий с включенной поддержкой.
Попробуйте это и отправьте назад, если это помогает Вашим скоростям ввода-вывода.
Кроме того, это шифруется на машине Linux? Шифрование обеспечит немного служебные.