Как может версия конфликта пакета с собой?

Короче говоря: Просто создайте пакет, и это будет последняя версия от мерзавца repo; это автоматически обрабатывается makepkg.

От чтения PKGBUILD файлы -git пакеты (например, для adonthell-мерзавца), Вы видите:

cd $_gitname && git pull origin
msg "The local files are updated."

Таким образом, каждый раз makepkg работал, это загружает последнюю версию с репозитория мерзавца.

pkgver параметр то, потому что makepkg требует номера версии в PKGBUILD и в заключительном пакете; дата - то, что имеет большую часть смысла здесь.

Если это обнаруживается, что это - пакет от мерзавца, makepkg обрабатывает особый случай соответственно:

(строки 1687-1771 makepkg, функция devel_check)

elif [[ -n ${_gitroot} && -n ${_gitname} ]] ; then
    if ! type -p git >/dev/null; then
            warning "$(gettext "Cannot find the %s binary required to determine latest %s revision.")" "git" "git"
            return 0
        fi
        msg "$(gettext "Determining latest %s revision...")" 'git'
        newpkgver=$(date +%Y%m%d)

[отрезанный много других случаев для darcs, hg, svn и т.д....]

(строки 1773-1792 makepkg, функция devel_update)

# This is lame, but if we're wanting to use an updated pkgver for
# retrieving svn/cvs/etc sources, we'll update the PKGBUILD with
# the new pkgver and then re-source it. This is the most robust
# method for dealing with PKGBUILDs that use, e.g.:

следовательно Вы заканчиваете с пакетом с его номером версии, являющимся датой при создании ее.