В первую очередь, стычка с зашифрованным корневым и ранним пространством пользователя обычно уже обрабатывается Вашим распределением (насколько я знаю Fedora, Debian, Ubuntu и поддержку OpenSUSE зашифрованный корень из поля). Это означает, что Вы не должны заботиться о самой установке.
Одна причина шифрования / состоит в том, чтобы только быть уверена, что Вы не пропускаете информации вообще. Думайте о программах, пишущий временные данные в/tmp, файлы журнала, содержащие уязвимую информацию как имя пользователя/пароли в/var/log или конфигурационных файлах, содержащих учетные данные как пароль в/etc/fstab или некоторые команды в истории оболочки пользователя root.
Используя LVM вместо разделов обладает одним большим преимуществом, можно легко изменить размер/переименовать/удалить логических томов без потребности повторно разделить диск сам, это просто более удобно, чем использование разделов (GPT или MBR)