Я не специалист по PHP, но, похоже, вам нужно сделать что-то вроде
exec(escapeshellcmd("/csvexport.sh \"$query\" $table"));
Есть ли в PHP функция, в которой вы можете вызывать команду и передавать аргументы отдельно?
some_exec_function("/csvexport.sh", $query, $table); # ???