Файловые системы, которые позволяют хранить пользовательские метаданные в файлах?

Да, большинство современных поддерживает расширенные атрибуты, которые можно использовать для хранения пользовательских метаданных :EXT4, Btrfs, ReiserFS, JFS и ZFS. Проверьте этот вопрос:Что делает монтирование файловой системы с пользователем _xattr? и на этой странице .

Если вы имели в виду форк(это что-то вроде сопутствующего файла, который хранится вместе с основным внутри файловой системы ), тогда некоторые реализации ZFS также являются опцией.